1. Ông Đinh Minh Hiệp, Giám đốc Sở.
a) Chỉ đạo, điều hành chung toàn bộ các hoạt động của Sở.
b) Trực tiếp phụ trách các lĩnh vực:
- Công nghệ sinh học, chăn nuôi, thú y, lâm nghiệp, khuyến nông.
- Công tác kế hoạch, tài chính, tổ chức cán bộ.
c) Trực tiếp phụ trách:
- Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Tổ chức cán bộ.
- Trung tâm Khuyến nông, Trung tâm Công nghệ Sinh học, Chi cục Chăn nuôi và Thú y, Chi cục Kiểm lâm, Ban Quản lý rừng Phòng hộ Bình Chánh - Củ Chi.
- Hội Chăn nuôi và Thú y thành phố, Hội Yến sào thành phố, Hội Khoa học Kỹ thuật Lâm nghiệp thành phố.
2. Ông Nguyễn Xuân Hoàng, Phó Giám đốc Sở.
a) Thủ trưởng Cơ quan Văn phòng Sở, điều hành chung các hoạt động của Cơ quan Văn phòng Sở.
b) Trực tiếp phụ trách các lĩnh vực:
- Thủy lợi, thủy sản, phát triển nông thôn, diêm nghiệp, xây dựng nông thôn mới, phòng chống thiên tai.
- Công tác quản lý đầu tư, cải cách hành chính, pháp chế.
- Thực hiện nhiệm vụ khác do Giám đốc Sở phân công.
c) Trực tiếp phụ trách:
- Văn phòng Sở, Phòng Quản lý đầu tư.
- Chi cục Thủy lợi, Chi cục Thủy sản, Chi cục Phát triển nông thôn; Văn phòng Điều phối Chương trình xây dựng nông thôn mới, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn, Ban Quản lý Trung tâm thủy sản, Công ty LDTH Lâm Hà, Công ty Chế biến thực phẩm xuất khẩu Hùng Vương.
- Hội Khoa học và Kỹ thuật Thủy lợi thành phố, Hội Thủy sản thành phố.
3. Ông Dương Đức Trọng, Phó Giám đốc Sở.
a) Trực tiếp phụ trách các lĩnh vực:
- Giống cây trồng, vật nuôi, trồng trọt và bảo vệ thực vật, chất lượng, an toàn thực phẩm, chế biến và xúc tiến thương mại.
- Công tác khoa học và công nghệ; thanh tra.
- Thực hiện nhiệm vụ khác do Giám đốc Sở phân công.
b) Trực tiếp phụ trách:
- Phòng Khoa học và Công nghệ, Thanh tra Sở.
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, Trung tâm Giống cây trồng vật nuôi và thủy sản, Trung tâm Tư vấn và Hỗ trợ chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, Trường Trung cấp Kỹ thuật nông nghiệp.
- Hội Làm vườn và Trang trại thành phố, Hội Hoa lan Cây cảnh thành phố, Hội Sinh vật cảnh thành phố, Hội Sản phẩm Nông nghiệp sạch Thành phố.