Thực hiện nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc khoá IX, Đại hội Đảng bộ thành phố lần thứ VII và nhất là Nghị quyết số 15/NQ-TW ngày 18/3/2002 về đẩy nhanh CNH, HĐH nông nghiệp nông thôn thời kỳ 2001-2010. Ban Thường vụ Hội Nông dân, Hội Liên Hiệp Phụ nữ, Thành đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành phố đã có chương trình liên tịch về chủ trương và tăng cường sự phối hợp trong sự nghiệp phát triển nông nghiệp-nông thôn giai đoạn 2001-2005.

Quá trình tổ chức thực hiện chương trình liên tịch nông nghiệp- nông thôn ngoại thành đã có bước phát triển, đạt nhiều thành tựu nhưng cũng còn một số khó khăn hạn chế. Tổng kết chương trình liên tịch nhằm đánh giá kết quả thực hiện giai đoạn 2001-2005 và định hướng mục tiêu kế hoạch phối hợp trong giai đoạn 2006-2010.

Trong giai đoạn 2001-2005, thông qua thực hiện chương trình liên tịch đã góp phần đưa tốc độ tăng trưởng ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn thành phố lên khá cao so với thời kỳ 1996-2000 (giá trị sản xuất nông lâm ngư nghiệp Thành phố giai đoạn 1996 -2001 bình quân tăng 0,7%/năm), cụ thể năm 2001 tăng 9,73%/năm, năm 2002 tăng 4,7%/năm, năm 2003 tăng 12,2%/năm, năm 2004 tăng 1,03%/năm, năm 2005 tăng hơn 1,8% trong điều kiện đất nông nghiệp ngày một giảm dần. Các chương trình mục tiêu phát triển ngành đã có những bước chuyển biến tích cực, đặc biệt là chương trình chuyển đổi cơ cấu vật nuôi, cây trồng có hiệu quả.

Sở Nông nghiệp và PTNT đã phối hợp với Hội Nông dân, Hội Liên Hiệp Phụ nữ, Thành đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh tập trung tổ chức thực hiện trong các chương trình, lĩnh vực như: Chương trình giống cây, giống con chất lượng cao, tập trung phát triển dứa cayene, rau an toàn, bò sữa, nuôi tôm sú, hoa kiểng cá cảnh; Chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, nông thôn; Phòng chống dịch bệnh cây trồng vật nuôi, đặc biệt là phòng chống dịch cúm gia cầm H5N1; Thực hiện chính sách ưu đãi, hỗ trợ cho nông dân, hộ sản xuất như: chương trình lãi suất tín dụng, phát triển làng nghề, phát triển làng nghề, phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã.

Chương trình liên tịch giữa 4 ngành đuợc ký kết vào tháng 06 năm 2001, Sở Nông nghiệp và PTNT, Hội Nông dân, Hội Phụ nữ, Thành đoàn TNCS đã nhanh chóng triển khai nội dung đến các đơn vị thành viên. Mỗi đơn vị thành viên các ngành đã chủ động phối hợp trên các lĩnh vực có thể nhằm phát huy nội lực, hiệu quả cao nhất. Chương trình liên tịch đã có những bước phát triển đi vào chiều sâu, có trọng điểm tạo sức thuyết phục cao đối với bà con nông dân, phát huy đuợc hiệu quả rõ nét trên các lĩnh vực chăn nuôi, trồng trọt, thuỷ sản, cây kiểng, cơ giới hoá nông nghiệp và ngành nghề nông thôn. Đặc biệt công tác chuyển đổi cơ cấu cây trồng vật nuôi có hiệu quả kinh tế cao như: bò sữa, tôm sú, rau an toàn, hoa, cây kiểng... đã được triển khai toàn diện ở các quận, huyện. Chương trình liên tịch đã tác động mạnh và rõ nét vào phong trào nông dân sản xuất- kinh doanh giỏi và thành đạt, thu hút đông đảo hội viên- nông dân tham gia trở thành lực lượng nồng cốt làm chuyển biến về sản xuất, chất lượng và thị trường tiêu thụ, nòng cốt trong phong trào tình làng nghĩa xóm, xây dựng nông thôn, gia đình văn hoá.

Bên cạnh các mặt tích cực, chương trình còn có những hạn chế, như sự phối hợp các bộ phận đơn vị thực hiện chương trình liên tịch thường xuyên thay đổi, chưa xuyên suốt, không đeo bám được công việc. Kế hoạch phối hợp hàng năm vẫn chưa cụ thể và toàn diện, phần nào đã ảnh hưởng đến kết quả thực hiện. Đặc biệt, việc thay đổi cán bộ phụ trách theo dõi chương trình liên tịch đã ảnh hưởng nhiều đến hoạt động phối hợp chỉ đạo chung. Việc phối hợp xây dựng các mô hình chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi hiệu quả giữa các hội, đoàn thể và phòng kinh tế, Trạm khuyến nông chỉ mới dừng lại ở việc xây dựng mô hình; việc tổng kết đánh giá, nhân rộng mô hình chưa được chú trọng đúng mức nên hiệu quả đạt được chưa cao .

Giai đoạn 2006-2010 là giai đoạn kinh tế cả nước hội nhập vào nền kinh tế khu vực và thế giới, Việt Nam sẽ gia nhập tổ chức kinh tế thế giới, sẽ tiếp tục thực hiện các cam kết mậu dịch tự do với các nước khu vực. Khu vực nông, ngư nghiệp luôn là khu vực nhạy cảm, khả năng thắng thua ngay trên sân nhà về khả năng và năng lực cạnh tranh về thương hiệu, giá cả, chất lượng, năng lực tổ chức sản xuất, cung ứng các đơn đặt hàng nông sản khối lượng lớn đang và sẽ là trách nhiệm to lớn đối với ngành nông nghiệp. Tuy ngành nông nghiệp có tỉ trọng rất nhỏ trong cơ cấu GDP của thành phố, nhưng nhiệm vụ chính trị phải hoàn thành là tiếp tục thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế  nông nghiệp-  nông thôn, chuyển dịch cơ cấu sản xuất có hiệu quả, bền vững nhằm thu ngắn khoảng cách chênh lệch về thu nhập giữa khu vực ngoại thành với nội thành, giữa thu nhập khu vực I với khu vực khác.